Oberstes Organ des Dekanates ist die Dekanatssynode, die zweimal jährlich tagt. Sie setzt sich aus ein bis drei vom Kirchenvorstand gewählten Mitgliedern und einem Pfarrer oder einer Pfarrerin jeder Kirchengemeide zusammen. Hinzu kommen VertreterInnen kirchlicher Einrichtungen, wie der Diakonie, und kirchliche Mitarbeitende mit besonderen Aufgaben.
Die Dekanatssynode fördert die Zusammenarbeit der Kirchengemeinden untereinander und stellt sich gesamtkirchlichen und gesellschaftlichen Fragen. Sie vertritt kirchliche Angelegenheiten in der Öffentlichkeit und kann Eingaben an den Landeskirchenrat und die Landessynode machen. Die Dekanatssynode wählt aus ihren Mitgliedern den Dekanatsauschuss, der die Geschäfte der Synode zwischen deren Tagungen führt und Entscheidungen, die nicht aufgeschoben werden können, trifft.